La iglesia fue diseñada por Juan de Herrera, arquitecto del rey Felipe II, aunque la torre fue obra del famoso artista granadino Diego de Siloé el cual constribuyó en gran parte a la construcción de la Catedral de Granada. El edificio, que se levantó justamente encima de un depósito de agua romano y cerca de la Puerta de Granada, fue terminado en el año 1600.

Con motivo del 400 aniversario de su terminación fue restaurada casi en su totalidad tanto por fuera como por dentro. También se realizaron algunos cambios de ubicación y mejora en del altar principal. Así se trasladó la patrona Virgen de la Antigua a una camareta situada a la entrada. También se mejoraron los altares del Cristo Nazareno y Virgen de los Dolores, dos Imágenes muy veneradas por los almuñequeros.